O Centro de Medicina Física e Reabilitação é uma das grandes apostas do Hospital, disponibilizando as valências de fisioterapia (hidroterapia de grupo ou singular, eletroterapia, cinesiterapia, massagem), terapia da fala e terapia ocupacional. Dispõe de instalações e equipamentos específicos por valência, salientando-se, a piscina terapêutica e o ginásio.
O Hospital da Misericórdia de Évora é a única unidade privada com internamento e bloco operatória na sua área de influência. A ambição do Hospital da Misericórdia de Évora é a de ser o melhor Hospital privado da região do Alentejo, liderando em inovação tecnológica, prestando um serviço de excelência aos clientes e proporcionando condições de grande satisfação profissional aos médicos e restantes profissionais de saúde.