Contudo, é no interior do espaço sagrado que a linguagem decorativa barroca se concretiza em pleno, através do exuberante diálogo de luz e cor entre a talha dourada, as magnificas telas e a rica decoração azulejar.
Ao nível do primeiro registo, a nave encontra-se coberta de uma belíssima decoração azulejar de 1715, da autoria da oficina lisboeta de António de Oliveira Bernardes. Esta série de azulejos historiados em esmalte branco com decoração a azul, é composto por sete paineis representando as Obras de Misericórdia e afirma-se como um dos mais importantes conjuntos azulejares produzidos pela oficina daquele mestre, tendo a sua colocação sido da responsabilidade do empreiteiro Manuel Borges, encontrando-se já terminado em 1716.
Ao nível do segundo registo, a nave é percorrida por um grupo de sete telas barrocas da autoria do pintor eborense Francisco Xavier de Castro. O altar-mor tem um retábulo do Estilo Nacional, de oficina eborense do início do século XVIII, de notável de lavor, que se prolonga aos colaterais. Ao centro, sobre uma duas colunas pseudo-salomónicas assentes em mísulas são sustentadas por atlantes. In 'Património Cultural, DGPC'
Considerada um imóvel de interesse público decretada por Decreto do Governo n.º 31/83 de 9 de Maio de 1983, a Igreja da Misericórdia poderá ser considerado o cartão de visita desta instituição na medida em que enquanto espaço físico da Santa Casa da Misericórdia de Évora, destaca-se dos restantes pela riqueza histórica, arquitetónica, artística e cultural, bem como pela sua capacidade intrínseca de explicar a origem das misericórdias através dos painéis, quadros e símbolos que representam as obras da misericórdia.